ナビゲートはカタカナで使われる「助手席でナビゲートする」といった、誰かをガイドする意味もあります。もともと船舶に由来する単語で「通り抜ける」といった意味でも使われます。
名詞のnavigation（ナビゲーション）もカーナビなどの運行指示の意味もありますが、専門用語で航海といった使い方があります。ここではnavigate（ナビゲート）とnavigation（ナビゲーション）の意味を整理しています。
もともとは船舶の用語であり、そこから自動車や航空機に派生して使われていった経緯があります。「航行する、航海する」といった意味もあります。
Sailors used to use the stars to navigate.
水兵はかつては航海に星を使った。
The GPS in my car helps me navigate.
私の車のGPSは、運転・運行を助けてくれる。
おそらくですが、もとの船舶・船の操作を考えると、船長と操舵長（舵をとる人、進行を管理する人）は別であり、船長が「北北西に向かえ！」といっても、船の舵をとる（操作する）のは別の人です。
あるいは船そのものをひとりの人格とみなした場合でも、進路を決める人（船長）と実際に動く人（船そのもの）は別になります。
このあたりの2人による関係性が「ナビゲート」という言葉の成り立ちに影響しているのではないかという予想です。
そこから「助手席でナビゲートする（進路をコントロールする、コースを指示する）」のような使い方もあります。
She navigated me through the convention to my booth.
彼女は私を集会で、ブースまで案内してくれた。
I drove the car while my wife navigated.
妻がナビをやっている間に私が車を運転した。
通り抜ける
「（ある区域・エリアを）通り抜ける」のような意味で使われています。特に乗り物に乗っているケースで、注意深く進み、少し困難を伴うようなケースに用いられる傾向があります。
日本語で一発で言い表せる言葉が見つかりませんが「慎重に進む」「注意深く進む」「がんばって進む」「そろり、そろり」みたいな意味です。
She navigated her car through the parking lot.
彼女は自動車をゆっくりと慎重に駐車場に入れた。
Many ships have trouble navigating this river.
多くの船がこの川を進むのに困難を抱えている。
パイロットもそうですが英語には船舶由来の言葉がけっこうあります。
ナビゲーションも私たちがイメージするナビゲーション、運行指示の意味があります。
I can’t drive without a car navigation system.
カーナビなしでは運転できない。
I input the GPS coordinates of my destination into the car’s navigation system.
私は目的地のGPS座標をカーナビのシステムに入れた。
That car is a little pricey, can you throw in a navigation system?
あの車はちょっと高いね。ナビをつけてくれない？
もともとの船舶などの「航行、航海」の意味もありますが、けっこう専門用語になるのであまり使わないかもしれません。
Navigation across the sea was difficult because of the storm.
嵐のために、その海の運行はとても難しかった。
